Foi a partir da região onde hoje localiza-se o municipio de Águas Mornas, que se expandiu a colonização alemã para o sul da Grande Florianópolis e, posteriormente para o sul do Estado.

Em 1837, foi fundada a colônia de Vargem Grande, com reimigrantes da Colônia de São Pedro de Alcântara, sendo 43 alemães e 1 dinamarques, constituídos em 11 familias. A colônia foi estabelecida ao longo da nova estrada de Lages.

Em 1847, 164 imigrantes alemães católicos e evangélicos instalaram-se na Colônia Santa Isabel, na localidade a que hoje corresponde aos municípios de Águas Mornas e Rancho Queimado. Os imigrantes que ali estabeleceram-se, encontraram grandes dificuldades em trabalhar nos solos pouco férteis. Além destas dificuldades, os surtos de malária fez com que parte da população dizimassem.

Em 03 de junho de 1860, na cabeceira do Rio Cubatão, foi criada a Colonia de Teresópolis, com a chegada das primeiras 60 familias de imigrantes alemães. A sede da colônia constituiu-se como importante centro comercial, administrativo e religioso.

Em 12 de junho de 1891, chegou em Santa Catarina, 4 franciscanos alemães que estabeleceram-se na Colônia. Teresópolis tornou-se então berço da Restauração Franciscana da Imaculada Conceição do Brasil, da Ordem dos Frades Menores.

Em dezembro de 1965, a colônia de Teresópolis foi unificada administrativamente a Colônia de Santa Isabel, por determinação do Governo Imperial.

Poucos anos após, em 11 de dezembro de 1869, através da Lei Provincial n. 628, é criada a Freguesia.

A má fertilidade de suas terras, fez com que os imigrantes migrassem para outras regiões do Estado, comprometendo o desenvolvimento da colônia.

Através da Lei 1176, em 06 de setembro de 1886, Teresopolis é elevada a condição de Distrito de Paz, sendo a ele incorporados as povoações de Santa Isabel, Capivari e Rancho Queimado.

No ano de 1943, a denominação Teresópolis foi alterada para Queçaba, através do Decreto-Lei Estadual n. 941.

Através da lei n. 790 de 19 de dezembro de 1961, o distrito de Queçaba foi desmembrado de Santo Amaro da Imperatriz. Entretanto, sua sede foi fixada na localidade de Águas Mornas, que na época pertencia ao Distrito de Santo Amaro da Imperatriz. A localidade, então, foi anexada ao Distrito de Queçaba, passando a ser a sede municipal. Em 19 de dezembro de 1961, por determinação do Decreto n. 868, deu-se a instalação oficial do município de Águas Mornas.