Biguaçu teve sua fundação na Vila de São Miguel em 1748 com a chegada dos primeiros povoadores oriundos do arquipélago dos Açores. São Miguel já havia moradores antes da chegada dos portugueses no local, mas o reforço da população passou a ser considerado como fundação do povoado.

Com a chegada dos açorianos, o local teve a condição de ser um dos primeiros núcleos desta imigração, tal como Lagoa e Santo Antonio na ilha de Santa Catarina e São José e Enseada de Brito, ambas no continente.

Em 08/02/1752 foi criada a freguesia de São Miguel da terra firme, com cerca de 6 quilometros, ao norte de Biguaçu, possuindo na época 538 habitantes.
A criação do município deu-se em 01/03/1833, tendo sua instalação em 17/05/1833. A vila de São Miguel foi elevada a categoria de cidade, pela Lei Provincial nº 425, de 3/05/1856, assinada pelo Presidente da Província Dr. João José Coutinho.
Com a crescente importância da embocadura dos rios, as margens do rio Biguaçu, cresceu a localidade de nome Barra. Neste local, em 17/05/1876 foi inaugurada a capela São João Evangelista, desenvolvendo-se uma vila em torno da mesma. Em 19/12/1882, a sede do município era transferida para as margens do rio Biguaçu por lei provincial. Retornando por algum tempo para São Miguel (1888 - 1894), ficou definitivamente em Biguaçu a partir de 1894.

A partir da década de 1950, com a utilização das praias para veraneiro, São Miguel voltou a se desenvolver.
Do município de Biguaçu em 06/11/1963, foi desmembrado os então municípios de Antonio Carlos e Governador Celso Ramos.

Alguns anos após, em 1979, em São Miguel, aproveitando um sobrado de construção anterior a 1850, foi instalado um museu etnográfico, adquirido pelo Governo do estado em 1978 e restaurado com vista a instalação do mesmo.

Biguaçu era uma pequena cidade agrícola até os anos 70, tendo mais da metade de sua população morando no campo, sendo as atividades comerciais e industriais do municipio até este período muito fraca. A partir de então, com uma reviravolta na economia local, parte da mão-de-obra transferiu-se do setor primário para o comercio e a industria, a qual começava a se desenvolver.
A cidade teve sua população aumentada em decorrência desta ‘reviravolta’ na economia, com a transferência de habitantes da zona rural para a urbana em busca de melhores oportunidades e, pela migração de habitantes de municípios vizinhos e do interior do Estado.