Conta-se que em 1525 uma expedição naval comandada por Dom Henrico de Acuña zarpava da Coruña, na Espanha com destino às Moluscas, passando pelo estreito de Fernão de Magalhães. Para fugir de um temporal o espanhol refugiou-se na Baía de Garopaba.
No local os expedicionários encontraram a tribo Carijó, que vivia da caça, pesca e dos produtos naturais da terra.

O primeiro povoado, entretanto, só surgiu em 1666, formado por imigrantes açorianos. Estes desembarcaram no local enviados pelo Império Português, procedentes da Ilha dos Açores que na época estava em processo de superpovoação.
Os açorianos começaram a se estabelecer e a formar comunidades, caçavam baleias comercializando seu óleo e barbatanas.
No século XVII houve uma intensificação da imigração com a chegada de um grande número de casais açorianos.

Com o aumento da procura de artigos industrializados provenientes da baleia (na época o produto grandemente procurado era o óleo das baleias, utilizado para iluminação pública e misturado à argamassa na construção de fortalezas e edifícios), foi criada em 1793 a Armação de São Joaquim de Garopaba que durou até1846 quando a localidade foi elevada à categoria de Freguesia através da Lei 231 de 13 de maio de 1846.

Nesta época foram construídas a Igreja Matriz, o cemitério e a casa paroquial, havendo uma prosperidade apenas aparente da localidade. Logo depois, Garopaba voltaria a ser uma típica vila de pescadores.

Garopaba primeiramente fica ligada ao vigário da Enseada de Brito, ao norte.
Por volta de 1864, assume a paróquia o padre italiano Rafael Faraco, que viria a exercer importante papel no crescimento da localidade. Homem dinâmico e atuante que com seu trabalho deu impulso à vila dos pescadores.
Reformou a Igreja Matriz, exerceu importante papel na vida política da freguesia, tornando-se o principal responsável pela criação da Vila de Garopaba em 06 de março de 1890.
Em 08 de abril do mesmo ano, o Governador nomeia os membros do Conselho da Intendência que dirigiria o Municipio, sua instalação ocorre em junho de 1890.

No ano de 1906, Garopaba passa a fazer parte da Comarca de Palhoça.

Em 19 de outubro de 1906 Garopaba passa a fazer parte da comarca de Palhoça e em 1923 Garopaba perde a condição de Município, passando a integrar o município de Imbituba. Em 1930 passa a Distrito de Palhoça e no ano de 1961 volta a condição de Município.

Origem do Nome

Foram os índios tupi-guaranis os primeiros habitantes de Garopaba, e é da língua indígena que vem o nome do município.
O significado em guarani, a língua local: ygá, ygara, ygarata, significa barco, embarcação, canoa; mpaba, paba, significa estância, paradeiro,lugar, enseada. O nome Garopaba significa então “Enseada dos Barcos”, “Enseada das Canoas”. Condizendo o nome com a primeira utilidade da enseada, a qual era um seguro ancoradouro para embarcações.