A história de São Jose começa a ser contada a partir de 1750. São José foi a quarta localidade fundada em Santa Catarina.
Presume-se que no dia 19 de março do ano de 1750, 182 casais açorianos aportaram na localidade vindos das ilhas Graciosas, São Jorge e São Miguel, em Portugal, dando inicio ao povoamento, fundando assim São Jose da Terra Firme.

A medida que o número de habitantes ia crescendo, a lavoura e o comércio desenvolviam-se, sobressaindo as culturas do algodão e do linho. Para aproveitamento desta produção, foram montados pequenos teares, que passaram a fabricar tecidos de uso caseiro.
Devido ao seu desenvolvimento, em 26 de outubro de 1751, é criada a freguesia.

Em 1828, com o início da imigração alemã, passou a ocorrer uma reestruturação demográfica, produzindo reflexo no desenvolvimento agrícola e no urbano.
São José passou a destacar-se como um centro importante pela sua população e comércio, razão pela qual o Governo decretou sua elevação a Vila em 01 de março de 1833. Neste período haviam 21541 habitantes, sendo 18969 livres e 2572 escravos, possuindo a vila 82 engenhos.

Em 26 de maio de 1849, passou a denominar-se Segunda Comarca, integrando São Jose, Laguna e Lages, em função da Lei Provincial n. 277. Foi extinta em 1864 e recriada em 20 de maio de 1869, através da Lei Provincial n. 615.
Pela Resolução 415, de 03 de maio de 1856, da Assembléia Provincial, sancionada pelo Dr. João José Coutinho, a Vila de São Jose foi elevada a categoria de Cidade.

Alguns anos antes, em 1845, São José recebeu a visita do casal imperial D. Pedro II e Dona Thereza Cristina, que estavam a caminho de Caldas do Cubatão, hoje Caldas da Imperatriz.

Em 31 de dezembro de 1943, pelo Decreto-Lei Estadual n. 941, foi reanexado ao município de Florianópolis, a parte fronteiriça do continente, denominado Estreito, que até então pertencia a São José. Tal separação deu-se por efeito da construção da Ponte Hercílio Luz, em 1926.

Igreja Matriz

A igreja matriz, que logo foi construída pelo Governo da Capitania, recebeu no ano de 1755, a cobertura do telhado.
Tem-se relatos que o primeiro vigário foi o Pe. Antonio José Borges de Castro, em 1765.
Em 1846 a antiga igreja desabou, sendo posteriormente reconstruída pelo governo.
Por volta do ano de 1904, a paróquia foi assumida por padres franciscanos alemães, que vieram poucos anos antes para Teresópolis (atual município de Águas Mornas).Os padres franciscanos realizaram melhorias na estrutura da matriz.
No ano de 1967, a igreja foi reassumida pelos padres seculares.

Origem do Nome

O nome do município deu-se em virtude de São José ter sido o padroeiro da primeira capela do município.
Acredita-se também que os primeiros colonizadores teriam chego ao local em 19 de março, dia de São José.

A ocupação humana de São José é tão antiga quanto a presença dos indígenas no litoral catarinense. Segundo pesquisas arqueológicas, já havia índios na região litorânea de Santa Catarina a pelo menos 1500 anos, conhecidos por homem do sambaqui e guarani.
São José teve sua povoação principalmente por índios, açorianos (fundadores da cidade), alemães, negros e mulatos.
Além destes povos, outros imigrantes de origens diversas influenciaram na vida sociocultural do município, dentre eles italianos, espanhóis, árabes e franceses.